Am 28. November 1784 hatte Philipp Carl von Wessenberg, Freiherr von Ampringen, an Joseph Sigismund von Roggenbach, Fürstbischof von Basel, den Stiftungsbrief zugestellt und somit seine private Schlosskapelle St. Johannes den Burgtalern geschenkt. Wir wissen nicht, wie die Kirche zu diesem Zeitpunkt ausgesehen haben mag. Eines ist mit Gewissheit anzunehmen, dass die Kirche erweitert wurde, denn über dem Haupteingang ist die Jahr zahl 1787 in Stein gemeisselt, also drei Jahre nach der Stiftung. Auf der linken Seite des Schiffes ist heute noch der Privateingang der Herren von Wessenberg sichtbar. Damit die Kirchgänger nicht den Schlosshof begehen mussten, wurde diese Seitentüre zugemauert und der Haupteingang auf die Westseite verlegt.
Wir nehmen an, dass sich die erste Privatkapelle der Herren von Wessenberg unter der heutigen Kirche befunden hat, was noch die von Kerzen geschwärzten Nischen beweisen.
Diese Kapelle, heute nennen wir sie Kirchkeller, wurde im Jahre 1983 in Fronarbeit restauriert.
Nebst der Schlosskapelle wurde den Burgtalern auch ein sehr schönes Gemälde hinterlassen, welches sich an der linken Wand in der Kirche befindet. Es stellt die Kreuzigung Christi dar, unter welcher sich die Portraits von 14 Personen aus dem Geschlecht der Herren von Wessenberg befinden.
Unter dem Portrait ist folgendes zu lesen:
„Trubert von Wessenberg und Scholastica von Wessenberg geborene von Sickingen sein ehelich gemahell Haben dis zu Ehren des Allerhöchsten auch zuo fründlich Angedenken Ihren Respective geliebten Eltern und geschwisterigen Durch Hanns Georg Kestner mahlen lassen anno 1628.
Am 16. Mai 1926 sind vom Dekan Edmund Meier, Pfarrer in Rodersdorf, delegiert von hochw. Bischof Josef Ambühl, Bischof von Basel und Lugano, zwei Glocken geweiht worden:
- Zu Ehren des hl. Herzens Jesu Glockenpaten: Erwin Herter,Gemeindepräsident und Leoni Höfler geb. Marquis
- Zu Ehren der sel. Jungfrau Maria der unbefleckten Empfängnis Glockenpaten: Albert Geyer und seine Schwester Emilie Geyer
Unter Pfarrer Hermann Portmann 23.4.1932 – 15.10.1950 wurden in den Dreissigerjahren der Kirchenboden und die Bänke erneuert sowie die Kirche neu ausgemalt. Während des Krieges 1939-1945 waren im Schloss Internierte einquartiert, unter denen sich auch ein Maler befand und so bekam damals die Kirche einen neuen Innenanstrich.
Pfarrer Wilhelm Sütterlin aus Schönenbuch 10.1.1950-Ende 1974 wollte immer eine Kirche neben dem Pfarrhaus bauen und hatte dafür auf Bettelpredigten eine beachtliche Summe zusammengebracht. Zu einem Kirchenbau kam es aber nie. Dafür wurde im Jahre 1975 ein Pfarreisaal an das Pfarrhaus angegliedert und gleichzeitig das Pfarrhaus gründlich renoviert.
Gottesdienste finden schon seit einiger Zeit im Pfarreisaal statt. Jedoch das Patrozinium des hl. Johannes wird jedes Jahr im Juni in der Schlosskirche gefeiert.Unter Pfarrer Emilian Brunner Juni 1976-heute wurde die Schlosskirche
unter Aufsicht der Denkmalpflege des Kantons Bern gründlich restauriert und eine elektrische Bodenheizung eingebaut. Am 28. Juni 1980 konnte das Gotteshaus durch Bischof Anton Hänggi konsekriert werden, wobei der Bischof gleichzeitig der Burgtaler Jugend die hl. Firmung spendete.
An der rechten Chorwand steht eine wunderschöne Muttergottes-Statue mit dem Jesuskind, die gegen 300 Jahre alt sein dürfte und von Herrn Pfarrer Brunner, aus seinem Familienbesitz der Kirchgemeinde von Burg geschenkt wurde. Der Künstler ist unbekannt.
Nach der Restaurierung lies Pfarrer Brunner als grosser Bruderklausen Verehrer im Jubiläumsjahr des Stanser Verkommnis (Stanser Verträge 1481-1981) eine Statue nach dem ältesten Bruderklausen Bild durch den Holzbildhauer Paul Studer sen. Aus Flüehli/OW herstellen. Diese beeindruckende Holzstatue befindet sich in der Kirche links vor dem Chor.